SF6014 - Nouvelles techniques d'amélioration de la PCR en temps réel pour la détection des pathogènes d'origine alimentaire

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Chercheur :

Mansel Griffiths, PhD, Département des sciences de l’alimentation, Université de Guelph

Objectifs :

1. Créer des systèmes de PCR en temps réel pour la détection, l’identification et, le cas échéant, la numération de Listeria spp., Salmonella spp., Campylobacter jejuni, E. coli O157:H7 et des E. coli totaux dans divers types d’échantillons.

Avantages Escomptés :

1. Création de méthodes de détection et de numération de bactéries pathogènes et d’organismes indicateurs, ces méthodes étant assez sensibles, spécifiques et rapides pour répondre aux besoins de l’industrie alimentaire et aux attentes des organismes de réglementation.

Sommaire des Résultats de Recherche :

Chaque année en Ontario, on estime qu’il se produit plus de 300 000 cas de maladies d’origine alimentaire qui se soldent par au moins 34 décès et par un coût de plus de 630 millions de dollars pour l’économie de la province. Outre les effets de ces maladies sur la santé humaine, le Canada, à titre de pays exportateur, risque de perdre des marchés mondiaux dans le domaine des produits alimentaires s’il n’est pas en mesure de démontrer que ses produits sont sans danger. Pour l’Ontario, il est donc essentiel de poursuivre le développement de méthodes nouvelles, rapides et fiables de détection des pathogènes d’origine alimentaire. L’objectif de ce projet est la mise au point de méthodes de détection et de numération de bactéries et virus pathogènes, ces méthodes étant assez sensibles, spécifiques et rapides pour répondre aux besoins de l’industrie alimentaire et aux attentes des organismes de réglementation. Ces systèmes sont essentiels pour ce qui est de l’évaluation de l’innocuité d’un produit, de la validation des pratiques de production et de traitement sans danger des produits alimentaires, de la production de donnés pour l’évaluation des risques de maladie liés à la consommation d’un aliment donné et même du calcul de la durée d’entreposage.

Le choix de la méthode de test est principalement déterminé par les normes réglementaires et l’analyse coûts-avantages. Les méthodes qui se fondent sur les caractéristiques génétiques propres à chaque type de micro-organisme permettent une détection économique et fiable des pathogènes qui peuvent être présents dans les denrées alimentaires. L’une de ces méthodes, la PCR en temps réel, est celle qui permet de satisfaire aux nouvelles normes de détection de la façon la plus rapide, la plus sensible et la plus pratique, et ce, dans un court délai. Les méthodes de PCR en temps réel ont été appliquées aux aliments, mais l’effet des inhibiteurs présents dans les échantillons nuisait à leur efficacité.

Grâce au financement accordé par le ministère de l’Agriculture, de l’Alimentation et des Affaires rurales de l’Ontario, nous avons développé des méthodes de PCR en temps réel pour la détection de quatre pathogènes bactériens communs, soit E. coli O157:H7 (celui de Walkerton), Salmonella, Campylobacter et Listeria monocytogenes, ainsi que du virus de l’hépatite A; ces méthodes produisent des résultats en moins de 24 heures. Elles ont été testées sur diverses denrées alimentaires pertinentes pour le pathogène considéré (viande rouge, volailles, fruits et légumes frais et graines germées). De plus, on a étudié des méthodes d’amélioration de l’extraction de l’ADN devant être utilisé dans les essais de PCR en temps réel et on a trouvé un système automatisé de purification de l’ADN qui donnait de bons résultats. On a également développé une étape simple de concentration par filtration qui pourra être utilisée conjointement avec les essais de PCR en temps réel; ensemble, ces méthodes permettent de détecter une seule cellule bactérienne ou particule virale dans la denrée de départ en moins d’un jour. L’introduction de ces tests dans l’industrie alimentaire contribuera à faire que l’Ontario demeure l’un des endroits où l’approvisionnement alimentaire est l’un des plus sûrs du monde.