Le compostage du fumier : Une stratégie pour réduire les populations d'agents pathogènes


Fiche technique - ISSN 1198-7138  -  Imprimeur de la Reine pour l'Ontario
Agdex : 720/400
Date de publication : 03/05
Commande no. 05-022
Dernière révision : 08/2015
Situation :
Rédacteur : Hugh Martin - chef de programme, cultures biologiques/MAAARO

Table de matières

  1. Pourquoi est-ce important d'assainir le fumier?
  2. De quels agents pathogènes s'agit‑il?
  3. Pendant combien de temps les agents pathogènes survivent-ils?
  4. Comment le compostage assainit-il le fumier?
  5. Les thés de compost
  6. Résumé
  7. Pour de plus amples renseignements sur le compostage

Pourquoi est-ce important d'assainir le fumier?

Le fumier brut et le fumier mal composté peuvent être une source de contamination des végétaux destinés à l'alimentation humaine parce qu'ils contiennent des agents pathogènes, c'est-à-dire des micro-organismes qui peuvent causer des maladies chez les personnes qui consomment les végétaux contaminés.

Les bonnes pratiques agricoles recommandent fréquemment d'épandre le fumier non composté seulement sur des champs où les cultures ne seront pas récoltées avant au moins quatre mois.

Le compostage tue la majorité des agents pathogènes qui se trouvent dans le fumier et réduit donc fortement les risques que le fumier contamine les cultures.

De quels agents pathogènes s'agit‑il?

Les fumiers de bétail et de volailles contiennent naturellement toutes sortes de bactéries, de virus et de protozoaires, dont certains qui sont connus pour leurs conséquences graves chez les humains. Parmi les bactéries qui sont pathogènes pour l'être humain, citons certaines souches d'E. coli, notamment la 0157:H7, les Salmonella, les Listeria, les Streptococcus, les Campylobacter et les Clostridium. Des exemples de protozoaires pathogènes sont les Giardia et les Cryptosporidium. La plupart des virus trouvés dans les fumiers animaux n'infectent pas les humains.

La concentration de ces organismes pathogènes dans le fumier varie et elle dépend en partie de l'espèce animale. On peut trouver l'E. coli générique dans le fumier de toutes les espèces animales. L'E. coli 0157:H7 est courant dans le fumier des bovins, mais on peut aussi le trouver dans celui d'autres mammifères. Les salmonelles peuplent plus souvent le fumier de volailles.

Les Campylobacter sont des bactéries communes dans le fumier de volailles, mais elles peuvent exister chez toutes les espèces animales. Les Listeria sont surtout répandues dans le fumier des bovins et des ovins, mais se rencontrent chez toutes les espèces. Les Cryptosporidium sont fréquents dans le fumier de bovins (surtout celui des veaux), mais on peut aussi en trouver dans le fumier de porcins et d'ovins.

On trouve à l'occasion des denrées alimentaires qui sont contaminées par un ou plusieurs de ces micro-organismes. La contamination peut toutefois avoir bien d'autres sources qu'un fumier mal composté; dans certains cas, on s'est aperçu que des fruits et des légumes frais avaient été contaminés parce qu'ils étaient entrés en contact avec une eau insalubre ou du matériel mal assaini, ou parce que les personnes qui les avaient manutentionnés ne se lavaient pas convenablement les mains.

Les animaux d'élevage ne sont pas les seules sources d'agents pathogènes. En effet, des études montrent que les déchets « verts » des jardins peuvent aussi être contaminés, surtout à cause des déjections des animaux de compagnie. Il est donc recommandé de composter ces déchets et de les utiliser avec prudence dans la culture des plantes vivrières.

Pendant combien de temps les agents pathogènes survivent-ils?

La durée de survie des agents pathogènes dans le fumier dépend avant tout de la température et de l'humidité du fumier. D'autres facteurs également importants sont la teneur en oxygène, le pH, la teneur en ammonium, la concurrence microbienne, etc. En règle générale, plus le fumier subit un échauffement important, plus son stockage ou son traitement dure longtemps, et plus la durée de survie des agents pathogènes s'abrège. Dans un milieu très sec, la majorité des agents pathogènes survit peu longtemps.

Le tableau 1 indique combien de temps certains agents pathogènes survivent, selon la température ou l'humidité du matériau qui les héberge.

Tableau 1. Durée de survie possible des agents pathogènes fécaux dans l'environnement
Matériau/Température Durée de survie
Cryptosporidium Salmonella Campylobacter E. coli 0157:H7
Eau - Gelée > 1 an > 6 mois 2-8 semaines > 300 jours
Eau - Froide (5 °C) > 1 an > 6 mois 12 jours > 300 jours
Eau - Chaude (30 °C) 10 semaines > 6 mois 4 jours 84 jours
Sol - Gelé > 1 an > 12 semaines 2-8 semaines > 300 jours
Sol - Froid (5 °C) 8 semaines 12-28 semaines 2 semaines 100 jours
Sol - Chaud (30 °C) 4 semaines 4 semaines 1 semaine 2 jours
Fumier de bovins - Gelé > 1 an > 6 mois 2-8 semaines > 100 jours
Fumier de bovins - Froid (5 °C) 8 semaines 12-28 semaines 1-3 semaines > 100 jours
Fumier de bovins - Chaud (30 °C) 4 semaines 4 semaines 1 semaine 10 jours
Fumier liquide > 1 an 13-75 jours > 112 jours 10-100 jours
Fumier composté 4 semaines 7-14 jours 7 jours 7 jours
Surfaces sèches 1 jour 1-7 jours 1 jour 1 jour

Source : Human and Animal Pathogens in Manure, Olsen, M. E.

Comment le compostage assainit-il le fumier?

On peut réduire considérablement le nombre des agents pathogènes dans le fumier en lui faisant subir un compostage rigoureux. Un des paramètres que l'on retrouve dans la plupart des méthodes de compostage est le maintien du fumier à une température de plus de 55 °C pendant au moins trois jours, dans les systèmes avec aération ou en bacs. Dans la méthode en andain, le fumier qui est au cœur de l'andain atteint généralement ce niveau de température, mais pas celui qui est en surface et dans le bas. Le retournement ou le brassage de l'andain fait pénétrer de l'oxygène dans le matériau, ce qui provoque une montée rapide de la température durant la première phase du compostage. Quand on utilise des retourneurs d'andain qui reforment l'andain en plaçant au centre le fumier qui était en surface, on expose le fumier à une température élevée. Il est nécessaire de retourner l'andain plusieurs fois pour que la totalité du fumier subisse un échauffement important pendant au moins trois jours consécutifs.

La recommandation générale est de maintenir la température interne des andains à 55 °C pendant quinze jours, et de faire au moins cinq retournements. Le compostage en andains ne réduit pas les populations d'agents pathogènes de manière aussi constante que le compostage en bacs ou en meule aérée non retournée, quand ils sont effectués correctement. La réussite du compostage en andains dépend de la qualité du brassage et du maintien d'une température élevée.

Certains organismes sont plus difficiles à tuer que d'autres et il faut contrôler régulièrement la température pour s'assurer que le fumier subisse l'échauffement voulu pendant un laps de temps suffisant. Pour atteindre et maintenir la température nécessaire, il faut veiller à ce que les conditions soient optimales, en l'occurrence, assurer un taux d'humidité propice (50-60 %), un rapport carbone/azote (C:N) optimal (25:1-30:1) et une aération ou des retournements suffisants et réguliers. Les renseignements sur l'évolution de la température, l'état du compost, le rapport C:N, le taux d'humidité et la date et l'heure des retournements doivent être notés par écrit.

Après chaque utilisation, il faut nettoyer le matériel de retournement du compost afin d'éviter de réintroduire des organismes pathogènes dans le compost. En passant d'un tas de compost jeune à un andain de compost plus évolué sans avoir nettoyé le matériel, on risque de réensemencer le compost qui est en voie de maturation. Il ne faut pas non plus manutentionner du compost avec un chargeur ayant servi à manutentionner du fumier brut. Par ailleurs, les andains devraient être retournés avec une machine capable de reformer des andains en plaçant au centre le matériau qui était sur les côtés.

Les thés de compost

Pour préparer un thé de compost, on place dans de l'eau une petite quantité de compost mûr (dans un sac perforé) et on le laisse infuser. La solution obtenue, appelée « thé de compost », peut être pulvérisée sur une culture pour lui apporter des éléments nutritifs absorbables par les feuilles. Selon certaines recherches les thés de compost ralentiraient le développement de certaines maladies des plantes. On ne devrait les préparer qu'avec du compost bien mûr qui présente de faibles concentrations d'agents pathogènes. Certaines études ont montré que l'adjonction de matériaux à base de sucre ou de mélasse pendant l'infusion augmentait les concentrations d'agents pathogènes dans les thés de compost. Les thés de compost doivent être aérés pendant l'infusion et pulvérisés sur les cultures dès qu'ils sont prêts pour réduire le risque de contaminer celles-ci par des agents pathogènes. Il ne faut pas appliquer de thé de compost sur les parties comestibles des cultures ou lorsque la récolte est proche.

Le thé de fumier s'obtient avec du fumier non composté ou de fumier mal composté. Ce genre de solution est susceptible de contenir de fortes concentrations d'agents pathogènes. On ne doit pas pulvériser de thé de fumier directement sur les cultures. S'il faut en appliquer dans un champ, s'assurer de le faire assez longtemps avant la récolte (par exemple, quatre mois).

Résumé

Le compostage est une stratégie utile pour réduire les populations d'agents pathogènes dans le fumier, à condition toutefois qu'il soit réalisé selon les règles de l'art.

Pour de plus amples renseignements sur le compostage

  • Ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation de l'Ontario
  • Art and Science of Composting
    14 pages de renseignements de base sur le compostage, par Leslie Cooperbrand, de l'université du Wisconsin, 2002
  • Cornell Composting Homepage
    Site Web tenu par le Cornell Waste Management Institute. Il donne accès à la vaste gamme de documents et de programmes de formation aux techniques du compostage qui ont été créés par l'université Cornell
  • On-Farm Composting Handbook (NRAES-54) - Guide exhaustif sur le compostage publié par R. Rynk, 1992
  • On-Farm Composting - Site Web du ministère de l'Agriculture, de l'Alimentation et de l'Aménagement rural de l'Alberta. Donne accès à plus de 500 articles et documents scientifiques sur le compostage agricole
  • FumierNet - Base de données sur les techniques de gestion du fumier

Pour plus de renseignements :
Sans frais : 1 877 424-1300
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Courriel : ag.info.omafra@ontario.ca