Comptage des nématodes : l'importance d'un bon échantillonnage et d'une manipulation adéquate! (Première partie)

S'il vous est déjà arrivé de faire des prélèvements de sols pour l'analyse des nématodes, vous avez probablement (il est à espérer) lu les recommandations pour l'échantillonnage et la manipulation des échantillons. Mais que faire si les choses ne se déroulent pas comme prévu et que les échantillons ne sont pas réfrigérés immédiatement, ou que la personne à qui vous avez confié le travail d'échantillonnage n'a pas suivi à la lettre vos instructions? Les échantillons sont-ils à rejeter? Sont-ils récupérables à des fins d'analyse? C'est le genre de choses à considérer, étant donnés les efforts investis pour l'échantillonnage et les coûts associés à l'embauche d'un laboratoire pour le comptage des nématodes.

Le personnel du MAAARO a appliqué certains scénarios au printemps 2011, en se concentrant sur les façons dont les échantillons peuvent être compromis dans la pratique, et sur les conséquences prévisibles.

Quatre sites effectuant des cultures par rotation de tomates de transformation, et qui étaient touchés par des infestations de nématodes, ont été recrutés. Les instructions pour le prélèvement et le traitement des échantillons étaient basées sur les recommandations de la fiche technique en anglais du MAAARO, et sur des discussions avec du personnel de laboratoire expérimenté. Le traitement des échantillons a été fait selon les protocoles recommandés, sauf indication contraire.

Protocole recommandé - points essentiels :

• Prélever l'échantillon jusqu'à une profondeur de 8 po (20 cm), en rejetant les 1 à 2 po (2,5 à 5 cm) du haut.
• Pour les cultures en rangs, faire les prélèvements dans le rang, de façon à prélever des racines nourricières.
• Procéder à 10 à 20 prélèvements par acre (25 à 50 par hectare). Idéalement, chaque échantillon ne devrait pas représenter plus de 6 acres environ (2,4 ha).
• Bien mélanger, mais avec délicatesse, les prélèvements.
• Mettre les échantillons de sol dans une glacière contenant de la glace. Garder au froid jusqu'à destination (ne pas congeler). Éviter les changements brusques de température.
• Remettre les échantillons au laboratoire dans les plus brefs délais, au maximum 3 à 4 jours.

Échantillonnage

La partie 1 de cet article est consacrée aux facteurs touchant l'échantillonnage proprement dit. Voir la partie 2 (au prochain numéro) pour nos observations suite à la manipulation incorrecte des échantillons.

Traitement des échantillons :

• Protocole recommandé. Entreposer dans une glacière ou un réfrigérateur. Remettre au laboratoire en dedans d'une journée.
• Protocole recommandé, sauf pour la profondeur de prélèvement de 0 à 6 po (0 à 15 cm) au lieu de 2 à 8 po (5 à 20 cm). Remettre au laboratoire en dedans d'une journée.
• Protocole recommandé, sauf pour les échantillons de sols non défaits ni mélangés avant de les acheminer au laboratoire. Remettre au laboratoire en dedans d'une journée.
• Protocole recommandé, sauf si la surface totale sondée est de ½ acre carré au lieu d'une surface de 6 acres. Remettre au laboratoire en dedans d'une journée.

Résultats :

Les résultats sont exprimés en pourcentages, où le compte moyen fait selon le protocole recommandé pour les 4 sites représente 100 %, et le compte moyen des 4 sites pour chacun des traitements est exprimé en pourcentage du compte fait selon le protocole recommandé.

	Nématode radicicole	Nématode à kyste	Nématode spiralé	Nématode cécidogène
Recommandé	100 %	100 %	100 %	100 %
Mauvaise profondeur (0 à 6 po)	58 %	14 %	113 %	180 %
Mauvais mélange	75 %	35 %	138 %
Grille	125 %	128 %	100 %

Nous nous attendions à une réduction du nombre de nématodes avec un échantillonnage moins profond (0 à 6 po), mais cette situation ne s'appliquait pas à toutes les espèces présentes. Au moment de l'échantillonnage, la couche supérieure du sol n'était pas encore devenue très chaude ni sèche, de sorte qu'elle pouvait encore être propice aux nématodes. Néanmoins, les seuils de nématodes sont basés sur un échantillonnage jusqu'à 8 po, en rejetant les 1 à 2 po du haut. De plus, pour une bonne comparabilité des nombres de nématodes, il importe de procéder de façon constante lors de l'échantillonnage. La constance dans la profondeur, les sites d'échantillonnage, la période de l'année et le travail en laboratoire sont tous importants. Sans compter, bien sûr, une bonne constance dans la manipulation des échantillons, comme nous le verrons dans la deuxième partie de cet article, lors de la prochaine publication.

Il est bien connu que les populations de nématodes varient d'un endroit du champ à un autre, et même d'un plant à l'autre. Le fait qu'un prélèvement donné de sol puisse être exempt de nématodes, et que d'autres prélèvements puissent regorger de ces vers, souligne l'importance d'un mélange adéquat des prélèvements de terre avant la prise de l'échantillon qui sera envoyé au laboratoire! Selon certains observateurs, il existe un risque de tuer des nématodes si le mélange des prélèvements est trop vigoureux; un mélange délicat, mais complet, est donc recommandé. Il est étonnant à quel point ces nématodes peuvent être faciles à tuer une fois qu'ils sont mis dans un seau! Le lecteur peut constater que les résultats de nos tests varient beaucoup, selon que l'échantillon est pris avant ou après le mélange.

Lors du traitement final, nous avons simulé l'échantillonnage selon une grille (sur une surface carrée d'une demi-acre carrée), et comparé les résultats avec un échantillonnage fait sur une surface d'environ 6 acres, qui est la surface maximale recommandée pour un échantillon. Les différences sont faibles, bien que cette conclusion soit basée sur la moyenne des 4 sites. Lorsqu'on considère ces sites individuellement, des différences plus importantes apparaissent (p. ex. si on considère les lésions aux racines causées par les nématodes, comme ci-dessous) :

	Site A	Site B	Site C	Site D
éch. de 0,5 acre	2 080	260	480	200
éch. de 6 acres	280	260	1 800	80

L'importance des cultures ne justifie pas toujours les dépenses encourues pour une analyse détaillée selon une grille d'échantillonnage, mais il est bon de rappeler que les populations de nématodes peuvent être concentrées à certains points d'une plantation, qui peuvent échapper aux prélèvements lorsqu'une grande surface est échantillonnée.