Il est en fait très difficile de distinguer les dommages causés par la mouche de l’oignon de ceux attribuables au charbon de l’oignon dans cette photo. Pour trouver l’origine des lésions, on doit examiner les jeunes pousses atteintes. Le charbon de l'oignon est une maladie fongique qui se manifeste par des lésions noires à l’intérieur du tissu de la plante. Si l’on retire un jeune plant et que l’on constate la présence de tissu noirci, il s'agit de charbon. Par contre, en l’absence de lésions noires et si les jeunes plants sont renversés, il s'agit probablement de la mouche de l’oignon. Il est également possible d’observer des larves des mouches de l’oignon sur les jeunes plants atteints.